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Reference Managers: Zotero vs Mendeley

Previo a comenzar la etapa de investigación del estado del arte nos propusimos investigar posibles herramientas a utilizar como Reference Manager. Un Reference Manager (RM) es, como su nombre indica, un gestor de referencias, o en definitiva una herramienta que permite mantener un repositorio centralizado de recursos de investigación el cual puede ser accedido y modificado por múltiples usuarios, ayudando así a organizar la investigación en desarrollo. Por recurso de investigación nos referimos a papers, videos, artículos de revistas, libros o sitios web que tratan sobre temas específicos del área a investigar. En nuestro caso las principales áreas de investigación serán Gesture-based Interaction, Multitouch Interaction, Natural Interaction y Human-Computer Interaction en general. Además, una de las caracterísiticas más relevantes de un RM es que en las etapas posteriores de documentación permite generar de forma casi automática la bibliografía utilizada como base para la investigación y el agregado de citas bibliográficas en las distintas partes del documento. Todo esto en base a la información que se encuentra en la librería de recursos mantenida por el RM, y con solo unos pocos clicks.

 

What a mess!


Los Reference Managers que, en principio, por recomendación de nuestros tutores decidimos investigar fueron cuatro:

 

  1. Bookends
  2. Zotero
  3. Mendeley
  4. Papers

 

Esta lista se redujo a dos luego de constatar que 1 y 4 no tienen disponibles todas sus funcionalidades en sus versiones gratuitas, por lo que nos propusimos entonces probar por un lado Zotero y por otro Mendeley que son gratuitos (aunque tienen versiones de pago que incrementan la quota de storage, etc). Este post no pretende ahondar en el funcionamiento y/o manejo de estas herramientas, sino simplemente compararlas presentando de forma lo más objetiva posible los pros y contras de cada una para luego utilizar la que mejor se adapte a nuestras necesidades. Comencemos entonces por Zotero!
 

Zotero (zoh-TAIR-oh)


 

Zotero es un RM open source que permite gestionar recursos durante cualquier tipo de investigación que requiera el manejo de documentos, videos, sitios web y muchos otros recursos. Permite mantener un repositorio organizado con todos los recursos analizados durante la investigación, pudiendo asociar a cada uno notas, discusiones, ficheros adjuntos, entre otros, para luego en base a estos generar automáticamente citas o una sección bibliográfica en los pocesadores de texto más usuales como por ejemplo OpenOffice o MS Word. Zotero viene básicamente en dos sabores: como extensión de Firefox (desde su origen), y como un cliente de escritorio recientemente. Én el último caso suele combinarse con un pequeño plugin para Chrome o Safari para agregar elementos directo desde el navegador, pero toda la gestión de los recursos se realiza desde la aplicación standalone. Además puede accederse a la librería directamente desde el sitio web de Zotero.

Algunas de sus ventajas son las siguientes:

 

  • En cualquiera de sus versiones permite agregar elementos a la librería directamente desde el browser con un solo click, soportando múltiple cantidad de sitios. Al agregar un elemento a la librería extrae información del recurso agregando automáticamente título, autores, año de publicación, entre otros metadatos que pueda obtener.
  • Si en una página hay múltiples referencias a diferentes papers, libros o recursos, con un solo click podemos sensarlos todos juntos indicando cuales nos interesa agregar a la librería. Esto es muy útil por ejemplo para agregar a la librería en un solo paso varios papers o recursos que se muestran como resultado de una búsqueda por cierto tema.
  • Se puede agregar practicamente cualquier tipo de recurso a la librería, ya sea un sitio web, un video, un paper, un libro, entre muchos otros. Cada elemento tiene asociado cierto tipo de metadatos que de ser posible se almacenarán automáticamente al agregar el elemento a la librería.
  • Es compatible con gran cantidad de los formatos más comunes de estilo bibliográfico (IEEE, Chicago, Vancouver, etc)
  • Se integra con OpenOffice/LibreOffice y Word mediante plugins para agregar bibliografía y citas. Para hacer una cita, footnote o endnote en un documento Word, OpenOffice o incluso un Google Doc o un email, basta con hacer D&D (drag and drop) de el(los) item(s) deseado(s). De esta forma permite armar una bibliografía de forma sencilla con unos pocos clicks, o agregar una cita especificando únicamente el número de página a citar del elemento en cuestión.
  • Permite asignar tags a los elementos de la librería para aplicar futuros filtros de búsqueda en los recursos de investigación.
  • Se pueden armar grupos privados o públicos y compartir una librería, notas, y discusiones, gestionándola entre varios usuarios de forma colaborativa.
  • Para papers accesibles desde Google Scholar, JSTOR y EBSCO, que son algunas de las bases de datos de publicaciones académicas más usuales y en las que basaremos nuestra investigación, la importación de recursos a la librería funciona sin problemas.
  • Permite incluir elementos de tipo ‘Página web’, pudiendo así marcar y agregar comentarios sobre los elementos de una página, lo cual es escencial en muchos casos para resaltar puntos importantes. Esto lo hace guardando un snapshot de la página que luego es modificado localmente como HTML estático.
  • Sincroniza todos los elementos de la librería a una tasa muy rápida, de modo que se acceda a lo último en cualquier dispositivo donde sea que nos encontremos.
  • Permite crear búsquedas avanzadas inteligentes sobre los elementos de la librería. Este tipo de búsquedas son similares a las colecciones pero se le indican ciertos criterios de búsqueda (año, autores, tags, etc) y al agregar elementos a la librería, aquellos que cumplan los criterios establecidos quedarán organizados automáticamente bajo esa colección.
  • El PDF de un artículo o paper agregado a la librería se agrega automáticamente como fichero adicional asociado al artículo si el mismo está disponible gratuitamente.
  • Se puede agregar directamente un PDF a la librería mediante D&D desde una carpeta local, y luego rellenar sus metadatos automáticamente con un solo click si el fichero es encontrado en alguna base de datos académica.

 

Pero como todo, tiene algunos puntos en contra:

 

  • En su versión gratuita posee una limitante de solo 100MB de almacenamiento para adjuntar archivos a los elementos de la librería. Este es uno de los puntos más críticos, ya que suponiendo que cada papers tiene un promedio de 2MB se podrían almacenar no más de 50 papers por cuenta. Los snapshots de páginas no pesan prácticamente nada por lo que casi no afectan la quota en el storage.
  • En la versión standalone no se incluye la opción "Crear un item nuevo a partir de la página actual" presente en la versión para Firefox, que sirve para guardar en la librería un sitio no soportado con un solo click. Así, para guardar un sitio en esta versión standalone se debe hacer manualmente, agregando el elemento deseado y rellenando los metadatos que se conozcan. [Actualizado 16/04] Sí es posible grabar un snapshot de un sitio en la versión standalone mediante los conectores para Safari o Chrome, simplemente haciendo click derecho sobre la página en el navegador y seleccionando "Save Zotero Snapshot from current page" en el menú desplegable. De todas formas, no es posible marcar el sitio almacenado directamente desde alguno de estos navegadores; para esto hay que utilizar Firefox.
  • Como consecuencia del punto anterior, la funcionalidad de marcado y comentado de páginas web tampoco está disponible en la versión standalone.
  • En la versión para Firefox sí es posible marcar y comentar páginas (documentos HTML) previamente almacenadas en la librería, pero no se permite la anotación de ficheros PDFs, la cual es otra de las grandes debilidades de la herramienta. De todas formas, como veremos, Zotero se puede integrar de forma sencilla y casi transparente con herramientas que permiten la modifiación de este tipo de ficheros.

 

Conclusión: Zotero es una herramienta bastante amigable y relativamente completa, que se puede utilizar de forma eficiente en cualquier de sus versiones, ya sea la versión integrada a Firefox o la versión standalone de escritorio. Para usuarios de este navegador sin duda debe ser una de las mejores opciones a utilizar como herramienta de gestión de recursos de investigación. 

Una de las características carentes pero importantes de Zotero es la imposibilidad de anotar y comentar ficheros PDF, aunque esto se puede solucionar utilizando alguna herramienta adicional para la visualización y modificación de este tipo de ficheros. Una solución que nos resultó muy práctica fue la de combinar Zotero con la versión gratuita de la herramienta PDF-XChange Viewer (Windows only :(, aunque también funciona sin problemas sobre Wine en sistemas basados en UNIX), la cual se debe descargar y setear como visor por defecto de ficheros en formato PDF. Hecho esto, desde Zotero podemos abrir cualquier PDF que tengamos almacenado en la librería y modificarlo agregándole comentarios, marcas, etc. Al ser éstas copias locales del fichero PDF, al modificarlo y guardar los cambios, éstos también se reflejarán automáticamente en la librería.

Otro factor de preocupación es la limitante de storage por cuenta en su versión gratuita, pero este punto también es solucionable utilizando N cuentas de forma colaborativa (compartiendo colecciones de recursos entre ellas) para obtener un storage global de N*100MB. En nuestro caso creamos una cuenta para cada integrante del grupo, y al tener divididos los temas a investigar cada cuenta comparte con las demás un único grupo privado correspondiente a ese tema específico. Brindando acceso de lectura/escritura a los demás integrantes se permite que todos vean y puedan modificar todos los grupos, logrando así extender el storage global a 300MB entre las 3 cuentas. Esta cifra tampoco es demasiado grande, pero suponemos que nos basta ya que podríamos almacenar un total de 150 papers en el caso promedio.
Finalmente, uno de los puntos más favorables de la herramienta es que, gracias a que puede gestionar cualquier tipo de recurso, puede servir no solo para esta etapa de investigación del estado del arte sino también como reemplazo a documentos de enlaces que contengan links a videos o tutoriales importantes en otras etapas más avanzadas (desarrollo, etc), ya que es más manejable y por sobre todo prolijo tener los enlaces organizados en categorías con Zotero.

 

“Zotero lacks pdf annotation, which is its main drawback. But I still prefer it for its ability to save copies of web pages and store everything in my own server. This way I have almost no data restriction”

-- Zotero user

 

Mendeley


 

Mendeley es una herramienta similar a la ya presentada pero tiene la característica de estar más enfocada al manejo explícito de papers, principalmente en formato PDF, presentando funcionalidades específicas para esta tarea. Viene únicamente en versión de escritorio, la cual se complementa con algunos agregados al navegador mediante bookmarklets para poder agregar elementos a la librería directamente desde el browser. De todas formas, también puede accederse a la librería directamente desde el sitio web de Mendeley.

Algunos de sus puntos fuertes son:

 

  • Incluye complementos para Word, OpenOffice y varios otros procesadores de texto, que permiten crear bibliografías y citas directo desde el procesador en base a la información incluida en la librería de Mendeley.
  • Permite seleccionar entre una gran cantidad de estilos para el agregado de citas y bibliografías, incluyendo los más conocidos (Harvard, IEEE, etc)
  • El manejo de PDFs es muy bueno y flexible. Principalmente porque con un solo click (o un D&D desde el escritorio) permite guardar el PDF en la librería con los datos sobre su autor, el título del documento, el año, y otros metadatos que pueda obtener.
  • Una de las característcas más interesante es que permite anotar, marcar y comentar PDFs. Luego se puede descargar el PDF modificado, incluyendo las anotaciones y comentarios al final y todas las marcas (highlights).
  • Brinda 500MB de almacenamiento en recursos personales más 500MB de almacenamiento de recursos compartidos, lo cual suma un total de 1GB de almacenamiento.
  • Incluye un Web Importer mediante un bookmarklet que permite importar documentos y referencias desde un amplio rango de bases de datos académicas (Scholar, JSTOR, ACM Portal, etc) con un único click. Esto lo hace de cierta forma similar a Zotero, ya que así se podría importar a la librería casi cualquier tipo de página, aunque en estos casos rellena la metadata solo para las reconocidas bases académicas y las páginas almacenadas no se pueden anotar.
  • Es Zotero-compatible en el sentido que permite importar la librería desde Zotero.
  • Al importar un paper a la librería, si existe su versión en PDF de forma gratuita la descarga automáticamente, sino agrega solo la referencia.
  • Incluye un catálogo propio de investigación bastante extenso en el que buscar papers, y en el cual se pueden buscar por ejemplo solo aquellos papers para los que se tenga la versión en PDF y realizar búsquedas con múltiple filtros.

 

Pero al igual que en el caso anterior, presenta algunos puntos débiles:

 

  • No permite marcar ni comentar una página previamente guardada en la librería.
  • Está enfocado principalmente al manejo de papers en versión PDF. Para guardar páginas u otros recursos se debe utilizar el Web Importer, el cual no es del todo eficiente. Por ejemplo, demora bastante en importar una referencia a un paper, y al importar una página web en muchos casos no se almacena correctamente en disco, haciendo que se presenten algunos problemas al abrirla una vez guardada. Esto hace poco útil el almacenamiento de sitios genéricos no soportados.
  • El Web Importer presenta algunos problemas de sincronización con el cliente de escritorio, ya que para cada importación desde el browser hay que hacer una sincronización manual de la librería desde el cliente.
  • El importado de varios papers a la vez como resultado de una búsqueda en una base de datos de investigación es bastante complejo y poco eficiente.
  • Carece de una vista de árbol para visualizar y abrir de forma sencilla los ficheros adjuntos a un elemento de la librería. Esto hace que agregar un fichero adjunto a un elemento no sea tan natural.
  • Maneja el concepto de tags o etiquetas, pero es poco intuitivo. Por ejemplo, no se puede hacer D&D de un recurso a un tag sino que siempre hay que etiquetarlo manualmente escribiendo el tag.

 

Conclusión: es una herramienta muy buena para cuando se pretende solo mantener referencias o manejar papers en versión PDF, ya que provee gestión, marcado y agregado de anotaciones a los mismos desde la propia interfaz. El espacio de almacenamiento es bastante amplio, incluso en su versión gratuita. De todas formas, tiene una limitante bastante grande al no permitir agregar otros tipos de recursos como sitios web, videos, etc. Dado que hace bastante hincapié en la parte social referente a armar un profile con todas las publicaciones que hayamos hecho (como forma de CV), un repositorio de investigación y luego compartirlo, puede ser más útil para investigadores dedicados a esa tarea y quizás no tanto únicamente como herramienta de gestión de recursos para una investigación concreta.

 

 

Entonces ¿cuál elegimos?


 

Realizado el análisis, finalmente optamos por utilizar Zotero, principalmente debido a que, además de actuar como gestor de referencias, permite manipular cualquier tipo de recursos (sitios web, videos, PDFs, etc) de forma muy flexible y sencilla, no estando restringido prácticamente solo a papers en formato PDF como en el caso de Mendeley. Además, se suma el hecho de que logramos incorporar de forma eficiente en Zotero la funcionalidad faltante de marcado de documentos PDF utilizándolo en combinación con PDF-XChange Viewer. Finalmente, otro punto que nos llevó a decidirnos por Zotero fue que pudimos mitigar en cierta proporción el riesgo de que el espacio de almacenamiento gratuito provisto no nos baste para almacenar todos los papers y documentos a leer durante esta etapa. Como mencionamos previamente, esto lo logramos trabajando colaborativamente con varias cuentas que manejan grupos compartidos unas con otras para aumentar el storage global.

 

 

YAY! Así está un poco mejor...


¿Has trabajado con alguna de estas herramientas?, ¿nos recomiendas alguna en particular?

¡Esperamos tus comentarios!

 

 

Referencias

 

[1] Zotero documentation: http://www.zotero.org/support/

[2] Mendeley features: http://www.mendeley.com/features

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